Chó Phú Quốc, từ lâu được nhiều người biết đến như một thương hiệu nổi tiếng. Theo nhiều tài liệu nghiên cứu, chó Phú Quốc có khả năng đi săn rất tốt. Người ta hay nói "chó treo, mèo đậy", tuy nhiên câu thành ngữ này hoàn toàn không áp dụng cho chó Phú Quốc. Bởi nếu là chó Phú Quốc chính gốc thì con nào cũng biết trèo và trèo rất giỏi, chúng có thể trèo qua hàng rào lưới B40 cao 3m, thậm chí sống trên mái nhà. Với những khả năng đặc biệt như vậy, chó Phú Quốc nghiễm nhiên trở thành một thương hiệu có tiếng và vấn đề phát triển, bảo tồn loài chó quý này đang được đặt ra một cách bức thiết.

Theo quy định của Hiệp hội Chó giống quốc tế (FCI), các tổ chức hiệp hội chó giống quốc gia thành viên phải cung cấp cho ủy ban toàn thể một danh sách tất cả các loài giống quốc gia và mô tả các loài giống này (theo chuẩn) bằng tiếng Anh, Pháp, Đức và Tây Ban Nha. Các tiêu chuẩn phải được thiết lập phù hợp với mẫu được áp dụng bởi FCI. Một tiêu chuẩn mới hay một tiêu chuẩn được sửa đổi phải được công bố bằng ít nhất một trong các ngôn ngữ làm việc của FCI. Như vậy, để đăng ký giống chó Phú Quốc với thế giới, Việt Nam phải có tiêu chuẩn nhận dạng riêng cho giống chó này.

Tuy nhiên, ngay chính khâu đầu tiên cũng gây nhiều tranh cãi do các tiêu chuẩn cũ đã không còn thích hợp, tiêu chuẩn mới lại chưa thống nhất. Nhiều ý kiến cho rằng chó không có xoáy trên lưng tuyệt đối không phải là chó Phú Quốc mặc dù nó có thể sinh ra hoặc lớn lên tại hòn đảo này. Tuy nhiên, cũng có người phản đối, vì một con chó cái Phú Quốc chính gốc có thể giao phối với nhiều con chó đực khác nhau, cho ra nhiều dòng con khác nhau.

Tiến sĩ Lê Văn Thọ (Đại học Nông Lâm TP.HCM) nhận xét: "Để xây dựng tiêu chuẩn chó Phú Quốc một cách khách quan và khoa học, trước hết phải dựa vào số liệu nghiên cứu thực tế chó Phú Quốc hiện đang nuôi ở độ tuổi từ 12-15 tháng tuổi (lứa tuổi chó đã trưởng thành) để đo đạc và xử lý số liệu trung bình về các chỉ tiêu như: trọng lượng cơ thể của chó đực, chó cái, chiều cao, màu sắc lông, dài lông, kiểu đuôi, tai, mắt, màu mắt, kiểu xoáy lưng... và một số về chỉ tiêu sinh sản khác nữa, từ đó xây dựng nên tiêu chuẩn cho chó Phú Quốc".

Tiến sĩ Lê Văn Thọ nhấn mạnh: "Hiện có nhiều người đang theo đuổi việc lai tạo giữa chó Phú Quốc với chó Thái Lan, điều này sẽ làm mất đi những nét đặc trưng của chó Phú Quốc. Như vậy chúng ta không thể giới thiệu con chó lai đó với người nước ngoài và nói rằng đó là con chó đặc trưng của Việt Nam được".

Tại cuộc thảo luận, nhiều ý kiến đã thống nhất một số chỉ tiêu cơ bản của chó Phú Quốc, đồng thời quy định thang điểm phù hợp với từng tiêu chí để phân biệt thứ bậc chó Phú Quốc từ cao đến thấp. Nhằm bảo tồn và phát triển giống chó này, kế hoạch xây dựng các trại chó tập trung, khu huấn luyện chó thương phẩm cũng đã được các thành viên Hiệp hội Chó giống Việt Nam đề ra và đưa vào phương hướng thực hiện trong thời gian tới.